Flagyl is een geneesmiddel tegen infecties veroorzaakt door bacteriën en parasieten. Het is aangewezen voor de behandeling van volwassenen en kinderen bij: Infecties door bepaalde gevoelige kiemen, in het bijzonder van het type Bacteroides. Onsteking van de urinebuis (uretritis) en van de vagina (vaginitis) (met Trichomonas en Gardnerella vaginalis). Darm- en leverinfecties veroorzaakt door amoeben (amoebiasis). Darminfecties veroorzaakt door Giardia (giardiasis of lambliasis).
Metronidazol is een inhibitor van de ribonucleïnezuur-synthese van de gevoelige kiemen en parasieten, die het snel metaboliseren; in het redox-systeem van deze organismen wordt de nitrogroep gereduceerd, waarschijnlijk met vorming van hydroxylamine (en andere labiele metabolieten), dat een complex vormt met het DNA waardoor alle synthese van nucleïnezuur wordt stopgezet.